В данном слове ударение следует ставить на слог с первой буквой У — комендатУру.
Родители пытались протестовать, обратились в военную комендату́ру, и больше их не видели.
— Фредерик Форсайт, День Шакала
Еще вчера утром в комендату́ру приехал гарнизонный особист и строго конфиденциально сообщил офицерам, что разыскивается группа неизвестных, представляющих особую опасность, и, вынув листок бумаги, описал ориентировочно внешность двоих, вернее фигуры, рост и возраст, сказал, что один из них предположительно говорит с украинским акцентом.
— Владимир Богомолов, Момент истины
Для перевода в окружной красноармейский хор Колюша явился в комендату́ру со своим японским карабином и сумкой обойм.
— Даниил Гранин, Зубр. Бегство в Россию
И его тут же забрали в комендату́ру за пластмассовые пуговицы, которые успели запретить, пока эшелон демобилизованных дотащился до Ибанска.
— Александр Зиновьев, Зияющие высоты
– А вы, сержант, пойдёте со мной в комендату́ру.
— Александр Солженицын, Рассказы