В данном слове ударение следует ставить на слог с последней буквой А — квадрАты.
Орарь был разделен на квадра́ты, и на каждом квадрате изображены сцены из жизни пресвятой девы, а ее венчание было вышито цветными шелками на капюшоне.
— Оскар Уайльд, Портрет Дориана Грея
Кинжалом разрезал бечевку, сунул руку и нащупал толстые, шершавые квадра́ты стандартных армейских сухарей.
— Борис Васильев, Завтра была война
В такие минуты его острое, милое лицо морщилось, старело, он садился на постель на полу, обняв колени, и подолгу смотрел в голубые квадра́ты окон, на крышу сарая, притиснутого сугробами снега, на звезды зимнего неба.
— Максим Горький, Макар Чудра и многое другое…
Озеро снова было гладким, квадра́ты и треугольники лежали на нем спокойно.
— Анатолий Иванов, Тени исчезают в полдень
Сквозь пространства, в квадра́ты, я и увидел его ноздри.
— Юрий Олеша, Сборник "Три толстяка"