В данном слове ударение следует ставить на слог с последней буквой А — карбонАтных.
От карбона́тных соединений они отличаются нейтральной реакцией при воздействии соляной кислоты.
— С. П. Кашин, Секреты плодородной почвы. Самые эффективные удобрения, 2015
Рудные залежи локализованы в барьерных рифовых постройках и сопряжённых с ними карбона́тных фациях.
— Эдвард Эрлих, Месторождения и история, 2016
Известь строительная воздушная бывает комовая (негашёная), пушонка (продукт гашения комовой извести) и карбонатная (порошкообразная смесь молотой комковой извести и карбона́тных пород).
— Е. В. Симонов, Баня, сауна: все о строительстве, оборудовании, материалах, 2010
Действительно, если бы планета изначально была огненно-жидким телом, то должны были бы сохраниться мощные отложения карбона́тных осадков, выпавших из охлаждающейся атмосферы.
— Ю. А. Колесник, Современное состояние биосферы и экологическая политика, 2007
Не устойчивы к морозным зимам кусты смородины, произрастающие на песчаных, суглинистых и карбона́тных почвах.
— Н. М. Звонарев, Смородина. Сажаем, выращиваем, заготавливаем, 2011