В таком слове ударение должно быть поставлено на слог с последней буквой О — змееголОвник.
Змееголо́вник, несмотря на своё устрашающее название, растение очень полезное, к тому же отличный медонос, о чём свидетельствуют его народные прозвания — «медовик», «маточник», «турецкая мелисса».
— Н. А. Сарафанова, Травы с эффектом транквилизаторов и антидепрессантов, 2013
Змееголо́вник широко применяется в блюдах молдавской кухни.
— Ю. В. Бебнева, Домашние заготовки по старинным и современным рецептам, 2008
Змееголо́вник молдавский относится к очень ценным медоносным растениям, так как даёт большое количество высокосахаристого нектара с лимонным запахом.
— Н. Н. Севастьянова, Лечение медом и продуктами пчеловодства, 2010
Змееголо́вник — травянистый однолетник с тонким, четырёхгранным прямостоячим стеблем высотой 15 — 60 см, стержневым корнем и продолговато-яйцевидными листьями на коротких черешках.
— Н. А. Сарафанова, Травы с эффектом транквилизаторов и антидепрессантов, 2013
Змееголо́вник обладает успокаивающим, болеутоляющим, ранозаживляющим и противосудорожным действием.
— Н. А. Сарафанова, Травы с эффектом транквилизаторов и антидепрессантов, 2013