В таком слове ударение следует ставить на слог с последней буквой А — госаппарАт.
Устанавливаться то могут, но нормы, которые противоречат интересам большинства людей, не будут исполняться, хотя бы потому, что госаппара́т состоит из людей.
— Д. А. Шевчук, Правовое обеспечение предпринимательства
На какое знание опирались советская власть и госаппара́т?
— С. Г. Кара-Мурза, Кризисное обществоведение. Часть первая. Курс лекций, 2011
Придавая особое значение обеспечению финансирования промышленности, решение этой задачи он связывал с осуществлением строжайшей экономии, что должно было достигаться как за счёт сокращения расходов на госаппара́т, так и с помощью совершенствования его работы.
— В. А. Сахаров, На распутье, 2012
Существующий госаппара́т и руководящая партия привели страну к кризису и теперь пытаются, путём мелких преобразований, изменить ситуацию и сохранить власть.
— В. И. Глухов, От олигархии к демократии. Книга I. Монопольное государство
Или ждущий сокращений госаппара́т — там что, кто-то выставил на аукцион лимузины, на которых гоняет начальство?
— Дмитрий Губин, Бумажное радио. Прибежище подкастов: буквы и звуки под одной обложкой, 2014