В таком слове ударение должно быть поставлено на слог с первой буквой Ю — воЮющие.
Кого не раздражал вид семейства в полном сборе на скамейке впереди — вою́ющие друг с другом дети, зажатые, словно в сэндвиче, между папой и мамой, которые каждый раз насильно тащат их в церковь?
— Джон Ирвинг, Молитва об Оуэне Мини
В остальных же районах царил мир – того самого типа, когда вою́ющие стороны делают перерыв, чтобы перевооружиться.
— Терри Пратчетт, Пятый элефант
Зачем тут пятнистые тигры, вою́ющие бойцы, охотники, трубящие в рог, и многотелые существа об одной голове, и многоголовые об одном тулове?
— Умберто Эко, Имя розы
Основания, на которых стоял он, были самые первоначальные, приличные разве лишь тринадцатилетнему школьнику, почти те же самые, на которых еще до сих пор стоят иные из наших газет, вою́ющие с классическими языками, например, «так как все латинские сочинения переведены, то и не надо латинского языка», и проч.
— Федор Достоевский, Дневник писателя
Есть тут и бедняки, и монахи расстриги, и вою́ющие с папашами кулацкие сынки.
— Борис Пастернак, Доктор Живаго