В данном слове ударение следует ставить на слог с последней буквой У — аутоиммУнный.
Воронцову: атопический диатез, аутоимму́нный, инфекционно-аллергический.
— , Факультетская педиатрия
Нередко аутоимму́нный тиреоидит сочетается с эндокринной офтальмопатией, претибиальной микседемой.
— Г. И. Дядя, Как сбалансировать гормоны щитовидной железы, надпочечников, поджелудочной железы, 2013
Поскольку аутоимму́нный полиэндокринный синдром может включать и поражение коры надпочечников, при снижении артериального давления у больных с сахарным диабетом необходимо уточнить и функциональное состояние надпочечников, для принятия адекватных мер.
— Г. И. Дядя, Как сбалансировать гормоны щитовидной железы, надпочечников, поджелудочной железы, 2013
Нельзя исключить и другие причины — наследственную генетическую предрасположенность и аутоимму́нный механизм.
— Хавра Астамирова, Настольная книга диабетика
Этот анализ помогает выявить аутоиммунные заболевания, например аутоимму́нный тиреоидит.
— Ю. С. Попова, Болезни щитовидной железы. Выбор правильного лечения, или Как избежать ошибок и не нанести вреда своему здоровью