В данном слове ударение следует ставить на слог со второй буквой И — филогенИи.
Именно они в наибольшей степени изменяют скорость эволюции, осложняя анализ филогени́и.
— Н. А. Курчанов, Поведение: эволюционный подход, 2011
Кроме того, в анализе филогени́и человека, как в фокусе, проявились многие проблемы эволюционной систематики.
— Н. А. Курчанов, Поведение: эволюционный подход, 2011
Более того, после такого страшного удара по молекулярной филогени́и, к дарвинисту-проповеднику, рассказывающему о том, что «генетика уже доказала эволюцию», теперь ведь обязательно подойдёт какой-нибудь коварный креационист, и нагло заявит, что никаких «общих предков, доказанных генетическими исследованиями», на самом деле, не существовало вовсе.
— Илья Рухленко, Что ответить дарвинисту? Часть I, 2016
Кроме того, до сих пор остаётся открытым вопрос, касающийся филогени́и индоевропейских языков.
— Дмитрий Азаров, В поисках прародины индоевропейцев. Теория сдвигов согласных звуков
Опубликовал свыше 700 работ, посвящённых морфологии, филогени́и, систематике, экологии, а также различным проблемам ветеринарной, медицинской и сельскохозяйственной гельминтологии.
— С. А. Павлович, Медицинская паразитология с энтомологией, 2012