В данном слове ударение следует ставить на слог с третьей буквой О — протерозОйского.
Одним из самых спорных является вопрос о том, каким был климат на планете в течение архейского и протерозо́йского эонов.
— Александр Марков, Рождение сложности. Эволюционная биология сегодня: неожиданные открытия и новые вопросы, 2015
Эдиакарианская фауна конца протерозо́йского эона сменилась томмотианской фауной кембрийского периода палеозойской эры.
— Александр Михайлович Житников, Первоязык первоэтноса. буквогеноизное корнемоделирование
Во второй половине протерозо́йского эона (1,4 млрда лет назад) происходит очередная мутационная волна в развитии клеточных структур, так как появляются клетки с различными внутриклеточными структурами, получившие название эукариотовых клеток, или эукариотов.
— Александр Михайлович Житников, Первоязык первоэтноса. буквогеноизное корнемоделирование
К концу протерозо́йского эона девять десятых эволюционной истории земли заканчиваются; однако, для исследователей это время всё ещё остаётся тёмным, то есть малоизученным.
— Александр Михайлович Житников, Первоязык первоэтноса. буквогеноизное корнемоделирование
И только к концу протерозо́йского эона, на рубеже 1,2—1 миллиарда лет наблюдается появление эукариотических образований.
— Александр Михайлович Житников, Первоязык первоэтноса. буквогеноизное корнемоделирование