В таком слове ударение должно быть поставлено на слог с последней буквой И — нигилИсты.
Слышал он, как и все, что существуют, особенно в Петербурге, какие-то прогрессисты, нигили́сты, обличители и проч.
— Федор Достоевский, Преступление и наказание
Брат моего хозяина Виктор Сергеев любил читать французские «бульварные» романы Ксавье де Монтепена, Габорио, Законнэ, Бувье, а прочитав этих авторов, наткнулся на русские книги, в которых насмешливо и враждебно описывались «нигили́сты»-революционеры.
— Максим Горький, На дне. Избранное
И вот, когда Помяловский показал мне «томительную бедность» мещанской жизни, нищенство мещанского счастья, я, хотя и смутно, а все-таки почувствовал, что мрачные «нигили́сты» чем-то лучше благополучного Молотова.
— Максим Горький, На дне. Избранное
(Вот завопят-то про меня нигили́сты и западники, что ретроград!) Да черт с ними, а я до последнего слова выскажусь.
— Федор Достоевский, Записки о русской литературе
В духе такого радикализма говорили нигили́сты прошлого века и немного спустя некоторые герои Достоевского, а потом совсем еще недавно их прямые продолжения, то есть вся образованная русская провинция, часто идущая впереди столиц, благодаря сохранившейся в глуши основательности, в столицах устаревшей и вышедшей из моды.
— Борис Пастернак, Доктор Живаго